Para eliminar la transparencia (canal alpha), existe este valioso comando linux que he utilizado más de una vez para luego poder subir las fotos a mi galería que maneja Piwigo:
mogrify -background white -alpha remove -alpha off *.png
Puede combinarse, por supuesto, con un find bien manejado, como el comando que usé para modificar los tamaños de múltiples archivos simultáneamente.