Bailando con Proteínas y el Nobel

Martin KarplusEste año ha sido otorgado el Premio Nobel a Martin Kaplus, entre otros, como bien anuncia la web correspondiente al Nobel Prize de Química por las contribuciones de la Química Computacional (por cierto, así aprendí informática…).

Recientemente he escrito sobre el Premio Nobel en este diario, en esa ocasión refiriéndome al recuerdo que me trajo estar en la Academia Sueca durante este verano, acordándome de mi amigo Jose Luis Sanz Vicario.

Es curioso ver que un amigo de ambos, compañeros de últimos años de carrera, en esta ocasión Xabier López Pestaña, es el que ha tocado los laureles de la fama, al menos lateralmente, pero ahí está. Y así lo ha publicado en su formidable blog de divulgación de la Química Cuántica: Bailando con Proteínas y el Nobel.

En otros múltiples artículos por la red se ha difundido la relación entre este querido amigo y el laureado, como en el de Más Ciencia Por Favor, además de enlaces como el de Divúlgame, porque creo que a muchos nos ha emocionado el artículo cercano y ameno, amén de interesante, de mi querido Xabi.

Xabi conoció a Karplus trabajando con él en el área por el cual Martin está siendo galardonado. Es emocionante estar tan cerca de alguien como Xabi, pero no solo por esto… Voy a volcar un extracto de su emotivo artículo de blog, así como el comentario que no pude ni quise evitar darle.

Pues sí, el Nobel de Química de este año ha sido concedido a Karplus, Lewitt y Warshell por su trabajo de desarrollo de modelos mutiescala para tratar sistemas químicos complejos. Si uno lee con más atención la nota de prensa publicada en el sitio web del Premio Nobel, parece que el jurado ha valorado en concreto la utilización de métodos mixtos QM/MM para estudiar problemas de reactividad química en proteínas y sistemas biológicos en general. Para que nos entendamos, Biología, Química, Física, Matemática y Computación unidas para tratar sistemas biológicos. En resumen, estos “cocineros” de la Química Computacional fueron pioneros en preparar un plato compuesto por un muchito de Newton (métodos clásicos y propagación de las posiciones) con un poquito de Schrödinger (rotura y formación de enlaces químicos), adobado en una salsa de Maxwell (continuo dieléctrico). Pero hoy me gustaría dedicar este Post, a hablar de mis recuerdos en el grupo de Karplus, porque el que aquí escribe tuvo la oportunidad de ensayar esos platos y de ser su pinche de cocina durante cuatro maravillosos años.

Leer el artículo completo…

Xabier López Pestaña

Mi comentario (entre muchos otros emocionados comentarios de amigos de este entrañable donostiarra):

Xabi y GiuppeMe has emocionado a mí también. Me siento feliz de que estés feliz. Me alegra tanto.

He vivido tantos buenos ratos contigo que imagino lo bien que le hiciste sentir a ese tal Martin Karplus, nobel o no nobel, algo que, de seguro, va a valorar con el tiempo mucho más que un premio: tú y tu proximidad, tu amistad, tu sincera sencillez acogedora, es el mejor regalo que se pueda tener en la vida. Eres un tío genial y, quienes te conocemos, lo sabemos.

Por momentos me siento conmovido de pensar que estudié con alguien que compartió mesa con un Premio Nobel, y que se codeó (casi) con Pauling… pero eso no es tan verdaderamente impactante como los recuerdos que guardo en Urgul, con unos bocatas y una botella de sidra, o las largas conversaciones en el saliente del Paseo Marítimo en lo Viejo. Por no hablar de aquellas interminables partidas de La Guerra Civil española que siempre perdías con los republicanos… jajajaja… está claro que estabas dispuesto a mantener la historia en su sitio. Habrías terminado por construir el maldito Valle de los Caídos.

Por cierto, en tu estancia en Strassburg (jijiji) te hice pasar un “mal rato” con mi ruptura con Mithreyi, pero de alguna manera, tú sabes que aquello no podía durar.

Amigo, tengo muchas ganas de verte, de compartir contigo esas palmaditas y enormes abrazos y nos quejaremos de nuestros achaques, que ya toca, y seguiremos siguiéndonos las vidas, con la admiración única que se tienen, de verdad, dos buenos (y ya viejos) amigos.

Enhorabuena a Martin y enhorabuena a ti también por seguir siendo como eres, entre otras cosas.

.gl

TLD (Top Level Domain) de Groenlandia.
Tiene la curiosa casualidad fonética de pronunciarse con el final de goo-gle. Y casi la misma grafía.
Así que lo utiliza para sus acortamientos de URL (Uniform Resource Locator)
Me gusta especialmente para los mapas:
Donde
https://maps.google.es/maps?q=groenlandia+dinamarca&client=ubuntu&channel=cs&hnear=Groenlandia&gl=es&t=m&z=3
se queda en
http://goo.gl/maps/q9Vuz

La tecnología internáutica es tan diversa que permite incrustar cositas como:

Ver mapa más grande

Y hacerme recordar que hubo un tiempo en el que deseaba ir a vivir a Groenlandia, a vivir de una mina de Wolframio, que ahora se denomina, en muchos lugares, Tungsteno y que castellanizadamente se escribe Volframio. Hay que ver, la de vueltas que da el planeta… y yo casi sin enterarme. Pasan tantas cosas…

El elemento químico 74 es denominado de dos maneras diferentes: Volframio y Tungsteno.

Del mineral wolframita compuesto químicamente por una proporción iónica de calcio, volframio y cuatro partes de oxígeno, fue donde se descubrió originariamente este elemento químico, y de ahí su nombre, adoptado por la IUPAC en su 15ª conferencia, celebrada en Ámsterdam en 1949.

No obstante, en 1758 Axel Fredrik Cronstedt lo denominó como Tungsteno que significa en sueco «piedra pesada» en alusión al mineral que lo contiene, esto hizo que en el mundo anglosajón fuese adoptado el nombre de Tungsten en detrimento de Wolframium a pesar que el símbolo químico es W.

El nombre Wolframio fue suprimido en favor de Tungsteno en la Nomenclatura de Química Inorgánica. Recomendaciones de la IUPAC de 2005. Los miembros hispanohablantes de la IUPAC, entre otros, han impugnado esta recomendación y abogan por la adopción del nombre de Wolfram en inglés y su correspondiente Volframio en español, acorde con el símbolo químico que lo representa W.

De mis clases particulares

Ayer iba en el metro, camino del Barrio del Pilar, donde imparto una clase de Matemáticas, Física o Química a una alumna desde hace varios años. Es mi alumna preferida, no puedo negarlo. No lo pretendo. A parte de tener intereses por las asignaturas que tiene en su educación obligatoria, incluso interesarse, poco a poco, por aquellas en las que yo le ayudo, a pesar de que se le den peor, a parte de todo eso, también estudia Piano, en el Conservatorio desde hace casi una década (tiene 17 años), Alemán y algunas otras cosas.

Cuando le digo que se relaje, me dice que tiene tantas cosas que quiere hacer que no le da el tiempo. Y me brota una sonrisa en el corazón, pensando que hay personas a las que admiro, a las que les deseo lo mejor, a las que respeto por ser inquietas, inquisitivas, deseosas de saber, más y más, de diversas temáticas, abriendo su mente a experiencias que la harán ser más persona.

Porque creo que hay grados de «persona». Pero no voy a entrar en esto de manera tan burda porque podría pasar por elitista y no lo es. Se trata de tamaños de voluntades, de esas nubes que habitan en el centro del pecho, y sí, el tamaño importa, cuando se trata de esto, al menos. A mí me importa.

Adoro encontrarme con personas que quieren ser Personas. Son verdaderos Filósofas en un sentido literal, etimológico, de la palabra. Y eso me convierte en filo-filósofo… (jejeje… estas cosas de la recursividad me apasionan, también)

Estoy intentando hacerle comprender que esto del equilibrio se resuelve como si fuese una hoja de cálculo… y no sabe usar (porque no les enseñan) estas herramientas que, para algunas cosas, son útiles.

En el metro, en ese camino que comencé mentando, fui anotando la estructura de la tabla que habría de realizarse. Hoy voy a hacerla y llevársela. Me gusta tanto trabajar para ella…

Acá la dejo:

Fórmula química

aA + bB <==> cC + dD

Coeficientes estequiometricos (a, b, c y d)
Pesos moleculares (de A, B, C y D)

GLOBALES
Volumen total
Presión total
Temperatura

INICIALMENTE

Masa en gramos
Moles
Concentraciones
Volúmenes

REACCIÓN

En moles
En porcentaje de lo inicial (grado de disociación o solubilidad) C x alfa o S

En EQUILIBRIO

Masa en gramos
Moles -> moles totales
En porcentaje de lo inicial (grado de disociación o solubilidad)
Concentraciones = moles / volumen total
Fracción molar = moles / moles totales
Presiones parciales = fracción molar * presión total

Q para predecir dirección de reacción
Q > K -> sobran productos = Hacia la izquierda
Q < K -> sobran reactivos = Hacia la derecha

Kc
Kp
Ks
Ka
Kb

pH

PV = nRT

Modelos de la realidad

Cada día me gusta más el fantástico blog de mi amigo Xabi, sobre Química Cuántica. En esta ocasión, ha realizado una entrada sobre el surgimiento de las teorías de campos de Maxwell y la concepción unificada de los fenómenos eléctricos y magnéticos en la Teoría de Campos Electromagnéticos.

Ha sabido destacar, de ello, de ese pedacito de historia de la ciencia, lo más notable, que es, como bien dice, la concepción del modelo de la realidad como mero útil, utensilio y no visión o representación de la realidad.

Por alusiones, lo vinculo con la idea de separar la re-presentación de la presentación que se lleva a cabo en el arte conceptual, especialmente en el arte de acción, pero también con la «gestualidad» de un Marcel Duchamp presentando un urinario y no re-presentándolo. Trayendo la realidad al arte, y no simplemente una aproximación más o menos subjetiva de la misma. Este cambio de paradigma tenía que ver, obviamente, con la irrupción de la fotografía, también en el SXIX, que trastocaría la idea de aproximación a la realidad a base de representaciones intencionadamente fidedignas. Pero esta cuestión la dejo para otro día… o remito a Walter Benjamin (La obra de arte en la época de su reproductibilidad técnica) o, más adelante, al maravilloso ensayo de Roland Barthes, (que dejo aquí para posteriores consultas), titulado La Cámara Lúcida.

Un interesantísimo párrafo es el de:

Sin embargo con Maxwell, los físicos empezaron a tomar los modelos no como la esencia de la realidad, sino como representaciones útiles para llegar a las fórmulas que nos permiten describir los fenómenos sensoriales. Los modelos eran tan sólo una “muleta” en la que apoyar nuestra imaginación, un andamiaje necesario para levantar el edificio del formalismo matemático, pero que una vez levantado, era tan poco necesario como un andamio al finalizar una construcción. Desde entonces, y cada vez con una tendencia mayor en física, los científicos empezarían a hablar de los modelos con frases de tipo “la realidad es como si…” , y no “la realidad es…”.

En el que, como bien apunta Xabi, se habla de una realidad que deja de ser, por primera vez, aprehensible, es decir, no puede capturarse, no puede obligarse a ser de una manera. Es, de una manera más o menos misteriosa, y tan solo nos quedarán aproximaciones más o menos acertadas, visualmente acertadas. En el fondo, es como si la poesía hubiera ganado la guerra contra la prosa: la metáfora es la mejor representación posible para describir la prosaica realidad, inapresable, mistérica, utópica.

Ya se anticipaba algo cuando Hume defendía el experimento, el fenómeno, en tanto manifestación de la realidad, no como realidad misma, pero esto va más allá, unos cuantos pasos más allá, afirmando la ciencia que no tiene capacidad para hablar de La Realidad, sino de los modelos que la describen. Y, al fin, esa realidad vuelve a la metafísica, al lugar que Aristóteles le tenía reservado más allá de sus textos de física. Cerca, ya, de la teología.

Efectivamente, otra cuestión importante, es la de la lejanía entre el lenguaje metafórico que todo el mundo puede acercarse a comprender y el lenguaje matemático, riguroso, que exige del lector un conocimiento iniciático, pitagórico, creando una especie de desfase entre los que saben y los que no saben cómo funciona el universo. Correctamente, ninguno lo sabe, pero unos saben que no lo saben, otros creen que saben porque pueden visualizarlo… pero no es el universo lo que visualizan, pero les vale… y ese divorcio lleva asociada la dificultad de enseñar en estos tiempos abstractos, rigurosos, matemáticos, en los que, por ende, se ha renunciado a que esa enseñanza lleve asociada, en última instancia, un verdadero conocimiento de La Realidad, sino de un modelo vigente y cuestinable (en que pueda ser puesto en cuestión radica una de las bondades del método científico) de la realidad observable… que no ha de coincidir con La Realidad, si es que esta puede afirmarse que existe y es única.

Pero que este rigor sea despreciado porque ha reconocido su impotencia (ya lo hará aún más Heisemberg y su Principio de Incertidumbre), no debería lanzar a la gente a respuestas fáciles que pretenden superar esa impotencia, como todas aquellas más o menos místicas y antirracionales que, no solo no responden más que con suposiciones inverificables, sino que ponen en tela de juicio nuestra metodología de razonamiento. Y queda tan poco sin esa metodología para que seamos supersticiosos neanthertales…

Propósitos

Cada año
junto al mar
Carmen y yo
nos planteamos la siguiente pregunta:
¿Cuáles son tus propósitos para el nuevo año?

Este año
tanto Carmen
como yo
no sabíamos qué responder
salvo desear cierta continuidad
cierto mantenimiento del status-quo
porque ambos
estamos satisfechos
con nuestras respectivas vidas.

Yo
le dije
tengo el firme propósito de seguir siendo feliz
y hacer de ello mi único objetivo en la vida
olvidándome de otros medios más o menos confundibles
con fines
hasta perderse en caminos tortuosos de pretendida búsqueda de la felicidad.

Tengo el propósito
algo novedoso
de comenzar a hacer algo de ejercicio físico
para no sentirme
como en algunas ocasiones
cansado e hinchado
pero es un propósito que ya tuve en verano
y quise comenzar a concretar
pero el gimnasio en el que me apunté
no había abierto sus puertas hasta diciembre
y cuando me di cuenta
las vacaciones navideñas estaban encima de mi calendario.

Tengo el propósito de leer un poco más
o más continuamente
de lo que vengo haciéndolo
pero es reforzar un propósito ya existente y en marcha
así que no sé si cuenta como un propósito nuevo.

Tengo el propósito de ver más a algunas amigas a las quiero mucho
pero tampoco es un propósito muy novedoso
porque es el de todos los años
y todos los años lo cumplo
pero sin excesos
porque también quiero hacer otras cosas
y no podría hacerlas si lo único que hago es ver a todas
mis amistades
por suerte
muy
muy
muy numerosas.

Tengo el propósito de relajarme y disfrutar
más aún
mis talleres de escritura
inculcando la necesidad de la poesía
como arma transformadora del planeta
y creo que vengo haciéndolo
desde hace ya más de una década.
Tampoco parece un propósito propio del nuevo año.

Quizá
algo más innovador en mi día a día
es la invitación
el guante lanzado
por mi amigo Xabi
de participar activamente en su blog
Función de Jota
de divulgación de la química cuántica
y sus relaciones con otras disciplinas
tan aparentemente alejadas
como la poesía
el arte
la filosofía
la política
la antropología
la sociología
o el baile.

Me apasiona esta propuesta que ha motivado
que trajese desempolvando
mis viejos libros de la carrera
desde las estanterías de la casa de mis padres
a mis estanterías.

Pero no sé ni por dónde empezar a ayudarle
a contribuir
y me parece tentador escribir un poema dedicado
a un fotón
pero me interesa más la idea de utilizar principios
mecano-cuánticos
para componer cualquier poema
como podría ser el de exclusión de Pauli
transformando versos en orbitales
y letras en electrones.

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Hay más propósitos
pero se resumen en uno:
vivir como si me quedasen
3 meses de vida.

Esto no es una broma